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细菌的直接检查：是指通过胃镜检查钳取胃粘膜作直接涂片染色，组织切片染色及细菌培养来检测HP，其中胃粘膜细菌培养是诊断HP比较可靠的方法。
尿素酶检查：因为HP是人胃内唯一能够产生大量尿素酶的细菌，故可通过检测尿素酶来诊断HP感染。
胃镜采样检测：主要在患者需做胃镜检查时“搭车”采样，在活检采样时一起作显微镜检查。但由于观察时间过短或某些因素的影响导致结果不够可靠。另外，胃镜采样难度较大，比较复杂，且对患者有一定伤害，费用较高。
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