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生物性因素：慢性传染病如肝炎结核病等对胃的影响也引起了人们的注意。慢性肝病患者常有的症状和体征，胃粘膜染色也证实在乙肝病人，胃粘膜内有乙肝病毒的抗原抗体复合物。
免疫功能改变：在萎缩性胃窦炎的发病上已普遍受到重视，特别是患者的血液胃液或在萎缩粘膜内可找到壁细胞抗体;胃萎缩伴恶性贫血患者血液中，发现有内因子抗体，说明自身免疫反应可能是某些萎缩性胃炎的有关病因。
感染因素：萎缩性胃炎患者，在胃粘液层接近上皮细胞表面有大量幽门螺旋杆菌存在，其阳性率高达%,有报道此菌并不见于正常胃粘膜。凡该菌定居之处，均见胃粘膜炎细胞浸润，且炎症程度与细菌数量成正相关。电镜也见与细菌相连的上皮细胞表面微突数减少或变钝。
此外，诸如饮食不当长期嗜烟酒滥用药物上呼吸道慢性炎症中枢神经功能失调，使胃粘膜受损，以及胃大部切除术后，分泌胃泌素的胃窦区切除，致使胃粘膜营养障碍等，均易导致胃粘膜受损而发生萎缩炎症变化。
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